לצד ההתפתחות הפוליטית לכיוון של שותפות יהודית-ערבית, התמודדה ישראל במהלך חודש מאי 2021 עם משבר חמור ואלים ביחסי יהודים וערבים, שזכה לכינוי ״פרעות תשפ״א״. משבר זה חשף את העובדה שיחסים אלה אינם ניתנים למדידה על ציר התפתחות אחד בלבד, ושכל הערכה של מגמות לעתיד צריכה לקחת בחשבון זרמי מעמקים ותפניות בלתי צפויות, שעלולות לשבש את הרצון של שני הצדדים לחיות בשלום, בשגשוג ובביטחון.
המשבר של מאי בא במקביל להתלקחות בחזית עזה, שבמהלכה נורו על ישראל יותר מארבעת אלפים רקטות. בזמן זה אירעו בתוך ישראל (כולל במזרח ירושלים) אירועים אלימים מסוגים שונים, שכללו הפגנות, התפרעויות, שריפת רכוש, השלכת בקבוקי תבערה ואבנים, התנגשות עם כוחות הביטחון, מכות, לעיתים עד כדי פגיעה בנפש. חזית פנימית זו הקרינה באורח שלילי על יחסי יהודים וערבים, ותוצאותיה ארוכות הטווח עוד יתבררו בהמשך הדרך.15
האירועים האלימים בתוך ישראל בתקופה המדוברת התפתחו בארבעה שלבים. תחילתם במתיחות בירושלים, ובעימותים בהקשר להר הבית ובסביבת שער שכם של העיר העתיקה. המשכם בהתפרעויות של ערבים ישראלים בערים מעורבות ובמקומות נוספים, ותקיפה של יהודים עד כדי סיכון חיים. אירועים מסוג זה נצפו ביפו, בלוד, בעכו, ברמלה, בחיפה ובצמתים מרכזיות בצפון ובדרום הארץ. אירועים אלה ערערו את תחושת הביטחון של התושבים היהודים, וגררו פגיעה חמורה במרקם החיים המשותפים. תגובת המשטרה להתפרעויות הייתה איטית, וגררה החרפה של המהומות ושל התגובה עליהן, כולל ירי בנשק חי של יהודים מתגוננים. בהמשך באו התפרעויות אלימות נגד של יהודים במספר מוקדים, שכללו פגיעה בערבים, חלק מהם חפים מפשע, שזכו לתהודה רבה. האירועים באו לסיום עם תגבור כוחות המשטרה בכוחות של משמר הגבול, ועוצר לילי זמני במספר מוקדים.
מאז תום האירועים, בערים המעורבות עדיין מורגשת מתיחות, וניכרת בהן חשדנות הדדית בעיקר של יהודים כלפי ערבים. חלקם אומרים כי ייקח זמן רב לשקם את תחושת השותפות והביטחון, ותובעים כי המדינה תפעל באופן שיבטיח את שלומם במקרים של התפרצות נוספת של אלימות. מבלי להיכנס לשאלה המורכבת ורבת הרבדים של הסיבות האפשריות להתפרצות, ברור כי היא המחישה את הסכנה הממשית להידרדרות מהירה של היחסים בין שתי אוכלוסיות למעין ״מלחמת אזרחים״ פנימית, שתקשה עד מאוד בעיקר על חיי המיעוט הערבי, החשוף לכוחו של הרוב, אך תעלה גם לרוב היהודי בפגיעה חמורה בתחושת הביטחון, בשגשוג הכלכלי, ותחייב אותו לנקוט בפעולות שיקרינו על מעמד המדינה ועל יחסיה עם מדינות אחרות בעולם.