הזהות היהודית ניצבת בבסיס תחושת ההשתייכות של בני העם היהודי. הכרה ב"יחד" היהודי היא תנאי הכרחי ללכידות יהודית, סולידריות וערבות הדדית. אלא ששימור וטיפוח הזהות היהודית הופכת לאתגר ענק בעולם פתוח וגלובאלי.
מתעוררות שאלות יסוד עקרוניות: האם ניתן לאפיין תוכן זהותי משותף לעם שקיימות בתוכו מחלוקות קשות בסוגיות של תרבות, לאום ודת? כיצד צריכה לבוא לביטוי הזהות היהודית במדינת הלאום של העם היהודי? האם שמירת זהותה היהודית של ישראל מתיישבת עם ערכים ליבראליים ודמוקרטיים? המרכז לזהות יהודית-ישראלית יעסוק בסוגיות אלה בהיותן מפתח מכריע לשמירת זהותו והבטחת עתידו של העם היהודי.